Za vrijeme agresije na Sarajevo (od 1992-95. godine) Vijećnica je bila više puta granatirana od JNA i VRS-a. Dana 25. na 26. august 1992. godine zapaljena je zgrada Vijećnice, a u požaru je nestao Katalog Nacionalne i univerzitetske biblioteke Bosne i Hercegovine, oko 80 posto knjižnog fonda i dokumenata koji svjedoče o historiji BiH. Unutrašnjost Vijećnice je gotovo potpuno uništena u požaru koji je uslijedio nakon granatiranja.
Prva faza obnove Vijećnice počela je 1996. godine, a ponovo je otvorena za javnost 9. maja 2014, na Dan pobjede nad fašizmom i Dan Evrope.
Iako je sve u njoj novo, Vijećnica odiše periodom u kojem je i napravljena. Svečano otvorena 20. aprila 1896. godine, svakoga ko danas uđe u nju vraća 118 godina unazad. Kamene ograde, klesani i iscrtani ornamenti, starinski izgled drvenih predmeta u Vijećnici, svakoga će ostaviti bez riječi.
U Vijećnici se sada čuvaju knjige i rukopisi od iznimne vrijednosti i rariteti, za koje su napravljene prostorije s posebnom temperaturom i vlažnosti za njihovo što bolje očuvanje.
